這部拍攝于1989年版的《變蠅人2》是1986年版《變蠅人》的續集影片承接第一集母親維尼卡懷上賽斯孩子的伏筆當她產下一枚蠅蛹時被當場嚇死當局的科研機關巴托工業園收養了蒼蠅之子馬丁·布朗多(艾瑞克·斯托羅茲 Eric Stoltz飾)由巴托工業的老總巴托先生(約翰·蓋茲 John Getz飾)撫養巴托先生密切監視著馬丁的一舉一動表面上把馬丁視如己出實則卻把他當作研究對象暗地里用攝像機記錄下他所有的生活過程讓馬丁研究他父親生前的時空傳送裝置馬丁看上去英俊帥氣無異于常人除了的驚人的生長速度和超人的天資才能不久馬丁就與美麗的貝斯·洛根(達芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga飾)墜入愛河可隱藏在馬丁體內的變異染色體突然蘇醒等待馬丁的是變成下一個“蒼蠅人”的恐怖噩耗